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朱棣吿以“彼自焚死”。
孝孺再问：“何不立成王之子？”（南京城破后，建文帝第二子、年仅两岁的朱文圭未死，被燕军擒获。）
朱棣说，“国赖长君。”
孝孺告之：“何不立成王之弟？”
朱棣很不耐烦：“此眹家事”，命左右授之笔札，要方孝孺拟诏。
孝孺投笔于地，且哭且骂，曰：“死则死耳，诏不可草！”
……
从这段对话中我们可以看出，方孝孺自始便抱定必死之心，因此他的每一句问答都是将朱棣逼向逻辑死角，当然同时也意味着不给自己留任何台阶。
朱棣下令把方孝孺投入大牢，大肆抓捕其亲族朋友门生。每抓一人，都带来让他看一看。孝孺看到他们非常难过，弟弟孝友被杀前反劝道：“阿哥何必泪潸潸，华表柱头千载后，梦魂依旧到家山。”
九族全诛后，磔方孝孺于市。孝孺视死如归，就戮前作绝命词曰：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹，忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”
其门人廖镛和弟廖铭检孝孺遗骸掩埋于聚宝门外山上。诛族之前，方孝孺妻郑氏和儿子中宪、中愈自经死，女儿贞、淑投秦淮河死。
诛族之后，朱棣又把方孝孺的门生作为一族杀掉。
后来成祖修实录，说方孝孺曾磕头求生。明朝中晚期著名思想家李贽写道：“孝孺死节后，至今百六十年，人皆历历能言，虽人人殊，其成仁取义，之死靡悔，断然不可泯灭。而同时文学柄用之臣，际会功名，史有别书。以故魏惠安公泽哀江南词，有曰：后来奸佞儒，巧言自粉饰，叩头乞余生，无乃非直笔。”
朱棣既诛方孝孺，为了逃避“残害忠良”留下的万年遗臭，乃下令：藏方孝孺之书者罪至死。幸有其门人王稌潜录集其文，才得传于后世。明中叶以后，方孝孺的文集《逊志斋集》一刻再刻，他浩然正气的故事还成为后世文学、戏剧中家喻户晓的情节。即便是来自强大国家机器的暴力威吓，也不能阻止社会良知对一位忠义气节之士的仰慕和追思。
不少现代中国人也许会以一种居高临下的“进步心态”嘲讽方孝孺等人“愚忠”、“迂腐”，但这丝毫无损于这些古代忠良的崇高历史地位。相反，它不过是反衬出现代教育的自以为是和浅薄孤陋而已。
每个时代都有其视为不可玷污的神圣价值，如果把我们今日的价值当成一把绝对的标尺去衡量过去的时代，那么我们看到的自然惟有愚昧和黑暗。在方孝孺的时代，以武力推翻一位合法君主在世道人心中之罪，一点也不会比今日发动军事政变推翻民选政府之罪来得轻。我们不必指望这些“先进”的现代人去理解古代价值的深刻意义，但也许有必要提醒他们稍稍拓展一下他们井底之蛙般的狭隘见识，试想一下，再过600年，我们今天的价值也会过时，或许会遭到更加“先进”的后人们更加刻薄的嘲笑。 | 
