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朱允炆即位后，对他的几位老师——黄子澄、齐泰和方孝孺等——言听计从。后者（尤其是方孝孺）都是名满天下的儒家学者，但历史很快就将证明，这群书呆子与这位年轻皇帝一样缺乏政治手腕。在他们的影响下，天性温和、素来不满祖父苛政的建文帝决心迅速实施大规模的彻底改革，以实现自己一心向往的上古圣君的“仁政”理想。然而，这些大胆冒失的变革却遭致了毁灭性的灾难。
与懦弱的朱标、朱允炆父子截然相反，朱元璋的第4子、燕王朱棣是一个孔武有谋、残忍暴戾的人，大有乃父之风。他少时即被朱元璋派去镇守北平，在与退到长城外的蒙元残部的多年交战中屡立奇功，因而深得朱元璋的赏识和倚重。由于太子朱标和兄长秦王、晋王相继去世，到建文帝即位时，这位雄心勃勃的燕王已是太祖留下的最年长、也是权势最大的儿子。
1399年（建文元年）8月初，经过一番精心准备——先称病，后装疯，并通过诚恳的请求成功地使朝廷遣返在南京为质的三个儿子——后，燕王朱棣正式起兵反叛。在给天子的上书和向全国官民的宣告中，他指责年轻的皇帝受“奸臣”黄子澄、齐泰等蛊惑，背弃“祖训”，残害皇家手足……而自己则打着“清君侧”的旗号，发动“靖难之役”以“拨乱反正”。朱棣还在文告中指天誓日地保证，自己对帝位绝无丝毫非分之想。
这场侄叔之间的夺位战争，究竟是朱棣早就谋划好了的——同情建文帝的后世儒生们对此坚信不疑，还是朱棣自己宣称的完全是无奈的“自卫”，似乎很难断言。但有两点是可以确定的：第一，自视雄才大略的燕王对皇位的觊觎之心始终都没有停止过，他一直在等待时机；第二，事件的直接导火索是朝廷急于求成的“削藩”行动，这迫使深处险境的燕王不得不作殊死一搏。
历时3年多的战争最终以燕王的胜利而告终，以正常的政治和军事态势来分析，这个结局是极其出乎意料的——朝廷拥有至少三倍于燕王的常备官军，且燕王起兵之时仅踞北平一府，也未得到其他大多数藩王的明确支持，朝廷控制的地盘数十倍于燕王，因而有比后者充沛得多的财政资源和后勤补给。
如果拿汉朝景帝时代的“吴楚七国叛乱”作比较的话，可以说建文帝的朝廷掌握着对叛军的压倒性优势。然而故事的结局却与1500多年前恰好相反。这一方面要归咎于建文帝不具汉景帝那样的韬略智谋，另一方面也充分体现了身经百战的朱棣的杰出军事才能。但最根本的败因，恐怕这位可怜的皇帝只能去怪自己的祖父了。
杀戮功臣，是明太祖朱元璋最为后人铭记的事迹。受宰相胡惟庸和大将蓝玉两个大案的株连，共计有四万五千人伏诛！朱元璋的亲侄子朱之正、亲外甥李文忠，以及战功卓著的开国功臣徐达、冯胜、傅友德等无一幸免。这位草莽英雄、开国皇帝大肆剪除功臣，原本正是为了预防这些手握重权的老资格臣子不利于子孙的统治。不料这一暴行很快就报应在他的孙子身上——因为屠戮过甚，整个朝廷竟找不到一个有能力领兵平叛的称职将领，只能眼睁睁坐以待毙！
1402年（建文4年），燕军出奇兵，一路南下渡长江攻入南京城；7月13日，守卫金川门的大将李景隆（开国元勋李文忠之子，一度被朝廷委以平叛主将的重任）和朱元璋第19子谷王朱橞打开城门迎降。混战中皇宫起火，火势被扑灭后人们发现几具已被烧得面目全非的尸体，据说它们便是死去的建文帝、马皇后和皇帝的长子朱文奎。 | 
